是的，分居三个月可以起诉离婚。根据《民法典》的规定，夫妻一方可以要求离婚，并可以直接向人民法院提起离婚诉讼。不过，法院在审理离婚案件时通常会进行调解，只有在感情确已破裂且调解无效的情况下，才会准予离婚。
需要注意的是，分居满两年是法律规定的应当准予离婚的情形之一。分居三个月并不足以证明夫妻感情已经破裂，因此，如果缺乏其他证据证明感情破裂，法院可能不会判决离婚。
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